На Институтот за географија во врска со наставниот процес непосредно функционираат: картографска лабораторија, геолошка лабораторија и компјутерска лобораторија и лабораторија за хидрологија и климатологија.
Картографската лабораторија е повеќенаменска. Во неа е сместена картографска збирка на разни географски, топографски и тематски карти. Поседува соодветна лабораториска и компјутерска опрема и функционално е организирана за реализација на сите видови на настава и презентации.
Геолошката лабораторија е организирана со збирка на карпи, минерали и фосили во која се одвива настава и вежби по геологија, петрографија и историска геологија.
Лабораторијата за хидрологија и климатологија е организирана со соодветна збирка на хидрометеоролошка документација, а се користи и за настава и вежби по соодветните предмети.
Компјутерската лабораторија е со полифункционална намена поврзана со примена на новите компјутерско информациски технологии во сферата на дигиталната картографија, географските информациски системи, далечинска детекција и слично.